D’après les auteurs anciens, la fondation de Sainte-Agathe a pour origine une relique de cette vierge et martyre apportée à Crépy au 6ème siècle. Au 12ème siècle, le monastère entre dans la dépendance de Saint-Arnoul, dont il devient un prieuré. Sainte-Agathe fut longtemps le siège de l’unique paroisse de Crépy.
Construit à l’extérieur des fortifications de la ville, face au château des comtes de Crépy dont il est séparé par un vallon affluent de celui du ru des Taillandiers, l’édifice se réduit aujourd’hui aux quatre arcades du mur sud de la nef. Leur profil et le type des bases indiquent une reconstruction après la Guerre de Cent Ans. Il n’y a pas de traces d’arrachements de voûtes, ce qui laisse supposer que la nef était couverte d’une simple charpente. Les dessins anciens montrent un édifice pourvu d’un double choeur à chevet plat et triplet (c’est à dire trois fenêtres dont la centrale est, en général, plus importante), qui paraît roman, et une tour centrale ajourée de petites baies en plein cintre. Une flèche octogonale en pierre flanquée de pyramides d’angle qui rappelle celle de Béthisy-Saint-Martin la couronne (D.Vermand, 1996 modifié 2017).
